第二代试管婴儿缺点与人为操作有关，正常情况下，胎儿皆为自然受孕情况下出生。而任何技术皆存在缺点，二代试管操作时，将男性细胞注入母细胞可对男性细胞内部造成稍许损伤，但肉眼无法看出，虽然第二代试管婴儿受精率高，但优胚率、囊胚率及妊娠率，与新鲜试管婴儿差别不大，而且**率约高于5%，高于助孕第1代试管婴儿，会对女性的身体造成影响。
二代试管的弊端及缺点
为了让男性细胞更容易与母细胞结合，通过特殊方法将男性细胞直接注入母细胞，直接制成受双方细胞，这种方法产生的胚胎和婴儿被称为第二代试管婴儿，因此二代试管主要适用于男性，比如男性细胞异常、少精、弱精、男性细胞畸形的男性，或者男性细胞活力不足的患者，下面是二代试管的弊端：
1、第二代试管婴儿是人工注入母细胞，属于强制受精，单男性细胞注射过程中，可能会对男性细胞内部结构造成一点损伤;
2、二代试管婴儿成功的概率取决于男性**的质量，如果男性**质量差，成功的概率会很低，可能会导致女性多次出现**;
3、第二代试管婴儿选择了单个质量较好的男性细胞，再注射入母细胞，这属于强制受精，虽然这样受精率比较高，但是囊胚率、优胚率以及妊娠率，很有可能比第1代的几率偏低。
第二代试管婴儿虽然有一定的好处，但也存在一些不足之处，如果男方**质量较好，一般没必要做第二代，选择第1代还是第二代，要根据自己的具体情况来判断，而且要在专业医生的建议下决定，不要太纠结。
第二代试管婴儿的缺点，主要是来自于胚胎操作层面。由于第二代试管要在助孕，将单个男性细胞选择以后进行制动，也就是用外力的因素将活动的男性细胞不活动，所以对男性细胞有一些损伤。同时对助孕而言，由于要用注射针将助孕刺破，对它的细胞器可能会有微观上的损伤。
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